- 转录组测序常见问题
- Q1：转录组测序相比其他检测方法(如芯片检测、EST文库法等)的优势是什么？A1：1）可以对任意物种进行全转录组分析，无需预先设计特异性探针，无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析，并且避免了芯片杂交存在的交叉反应和背景噪音。2）覆盖度很高，深度测序可以检测到几乎所有的转录组片段序列，能够发现未知基因。……[阅读全文+]
- RNA-Seq Quantification测序常见问题
- Q1：原核生物可以做RNA-Seq Quantification分析吗？A1：可以。真核生物、原核生物均可以。Q2：没有参考基因组序列的物种可以做RNA-Seq Quantification分析吗？A2：可以，但要求有该物种的其他参考序列，如unigene序列、mRNA序列、CDS序列等。Q3：RNA-Seq Quan……[阅读全文+]
- lncRNA测序常见问题
- Q1：目前什么物种可以进行lncRNA测序？A1：具有参考基因组序列的动植物等均可进行lncRNA测序。Q2：从total RNA中富集lncRNA为什么采用去rRNA的方式？A2：细胞内的lncRNA约80%不具有polyA尾结构，无法用oligo(dT)磁珠的方法调取得到完整的lncRNA , 采用去rRNA的方式……[阅读全文+]
- Small RNA测序常见问题
- Q1：如何分离得到Small RNA？A1：Small RNA长度在50nt左右，一般使用PAGE 胶分离不同片段大小的 RNA后，切胶回收18-30nt或18-40nt的条带，即可得到大部分的Small RNA。Q2：Small RNA文库构建失败的原因有哪些？A2：建库成功与否与样品质量关系很大，如果样品总量低、质……[阅读全文+]
- circRNA测序常见问题
- Q1：目前可以做circRNA测序的物种有哪些？A1：具有参考基因组序列的动植物等均可进行circRNA测序，目前主要集中在模式物种。Q2：如何分离得到circRNA？A2：circRNA具有闭合环状结构，比线性RNA更加稳定，其分离方法主要是先去除rRNA，再用RNase R消化线性RNA。Q3：circRNA一般会……[阅读全文+]
- 全转录组关联分析常见问题
- Q1：转录组关联分析必须同时对所有RNA进行建库测序吗？A1：不是的，可以根据课题实际情况，结合所研究的物种是否有已知的数据（miRNA数据库、已知的lncRNA或circRNA序列等）来设计需要测序的RNA种类。Q2：转录组关联分析可以怎么设计？A2：可以是mRNA与miRNA关联分析，也可以是mRNA+miRNA+……[阅读全文+]
- PacBio全长转录组测序常见问题
- Q1：PacBio平台的测序原理？A1：PacBio是基于单分子实时测序Single-Molecule,Real-Time(SMRT)技术：建好的文库 放在SMRTCell上进行测序，SMRTcell中有15万个Zero-ModeWaveguides(ZMWs)孔，每个孔下面固定DNA合成酶，当待测DNA分子下降到孔……[阅读全文+]
- 单细胞转录组测序常见问题
- Q1：单细胞转录组可以用于哪些类型的细胞？A1：可用于哺乳动物的生殖细胞、早期胚胎细胞、部分体细胞、免疫细胞等。不同类型的细胞，成功率和风险也有所不同。总体来说，生殖细胞和早期胚胎细胞的成功率比较高，可达到 70~90%。其次是细胞直径大于 10µM 的游离单细胞（如 CTC）、细胞系等。有特殊结构、较小的细胞，风险比……[阅读全文+]
- 基因组Survey常见问题
- Q1：动植物基因组Survey的目的是什么？A1：动植物基因组Survey分析可以得到基因组大小、杂合度高低、重复序列多少和是否含有污染基本信息，然后依据这些基因组信息来制定相应的测序策略。Q2：K-mer 分析选择不同长度的原因？A2：原因是ATCG四种不通过的碱基组成的长度为17的核苷酸占大多数，由于Reads上存……[阅读全文+]
- 基因组De novo常见问题
- Q1：什么是Read、Contig、Scaffold？A1：Read：测序读到的碱基序列片段。Contig：由reads通过对overlap区域拼接组装成的没有gap的序列段。Scaffold：通过pair ends 信息确定出的contig 排列，中间有gap。Q2：什么是Contig N50和Scaffold N5……[阅读全文+]
- 线粒体/叶绿体De novo常见问题
- Q1：叶绿体/线粒体基因组测序承诺指标吗？A1：基因组大小需小于500Kb，完成指标包括小片段文库构建、测序、数据过滤得到100Mb clean data、组装，但是不承诺组装指标。 Q2：线粒体DNA样品，如何检测不是线粒体DNA呢？A2：目前实验样本检测没有检测线粒体DNA混有DNA的步骤，威九国际默认客户送的DNA样……[阅读全文+]
- 基因组重测序常见问题
- Q1：什么是重测序（re-sequencing）？A1：重测序（re-sequencing）是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平进行差异分析的方法。在样品检测合格后，预计2个月完成测序及信息分析。包括全基因组重测序（whole genome re-sequencing）和目标区域重测序（tar……[阅读全文+]
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