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      发布于2017.4.23。

    4月21日，《Scientific Reports》杂志发表了关于LIEA RNA-seq的研究成果，该成果来自济南大学的研究团队。LIEA RNA-seq（Low-Input, Equal-Amplifcation RNA-seq）是一种低起始量、低bias、低成本的mRNA建库测序方法。该方法依赖于Ion Torrent平台，可针对起始量少于100pg的mRNA（相当于1000个左右人体细胞）进行建库测序。该方法先将mRNA随机打断，加接头后反转录为cDNA文库，在Ion Torrent平台测序之前进行油包水乳液PCR，通过Equal-Amplifcation避免了常规polyT反转录引物扩增和桥式PCR带来的扩增偏向性，因此降低了测序reads偏向性。

图1  LIEA RNA-seq与Smart-seq建库测序比较

图2  三种建库测序方法bias比较

       此外，研究人员还开发了高准确性、可容错的剪接比对算法FANSe2splice。该算法可以将单端读取的reads比对到参考基因组上，并准确地找到splice junctions的位置，相比之前的比对软件具有更高的可验证性。

图3  不同算法对junction检测结果比较

        相对于常规的mRNA-Seq而言，LIEA RNA-seq在建库测序实验和分析算法上均有优势，它可实现“三低”测序；在信息分析方面，可以利用更少的测序数据分析得到更准确的splice junctions检测结果，更精确的基因表达定量，同时具有更高的可验证性。对于难以获得的微量样本，并且不需要达到单细胞精度的样本而言，LIEA RNA-seq是一个可以考虑的选择。

参考文献

Low-cost,Low-bias and Low-input RNA-seq with High Experimental Verifiability based onSemiconductor Sequencing. Scientific Reports. 2017. DOI:10.1038/s41598-017-01165-w.