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Q1：老师想用指定的酶进行RAD测序，可以吗？

A1：采用现有流程未提供的酶涉及到购买酶、设计接头等，项目执行时间会有相应的延长。

Q2：RAD-seq中，临时作图群体和永久作图群体分别是什么概念？

A2：临时作图群体是双亲杂交以后自交或回交产生的F2或BC群体等，在子代个体中等位基因并不是完全纯和的，存在杂合，如果再自交，基因型会发生变化无法稳定遗传。永久性作图群体就是像RIL、DH等，在子代个体中等位基因是纯和的，基因型可以发生稳定的遗传。

Q3：RAD-seq提供的8碱基酶只有SbfⅠ一种吗？

A3：是，目前RAD-seq提供的8碱基酶只有SbfⅠ一种。可以尝试用其他的8碱基酶，但是需要定制试剂和摸索酶切条件，需要和客户提前沟通风险问题。

Q4：RAD测序能否利用近缘物种进行SNP注释？

A4：RAD测序利用近缘物种进行SNP注释的效果不好，因为SNP注释依赖于参考基因组的注释情况，并且测序的reads在近缘物种上的比对率可能会很低。