Q1:外显子捕获测序的效率如何?
A1:平均测序深度大于30X时,外显子组覆盖度达到杂交芯片可捕获的不低于90%的目标区域,发现杂交芯片可捕获区域中99%的SNPs(单核苷酸多态性)。 威九国际建议外显子组测序的测序深度为大于50X以上,对于肿瘤或者应用于临床上的研究,威九国际建议高深度测序。
Q2:外显子测序在研究性染色体上的基因和常染色体上有没有区别,性染色体在捕获上有什么难度?
A2:外显子测序技术是通过芯片杂交来富集外显子区域,再通过新一代测序技术对捕获的外显子进行测序。相对于常染色体,性染色体X和Y之间同源性比较高,测序后组装过程中,同源序列定位就比较困难,因此如何区分两种性染色体上的基因则成为研究的难点。
Q3:芯片捕获下来的非外显子区域的序列是否都参与了后期分析?
A3:信息分析对捕获下来的全部有效数据都会做信息分析,重点是外显子区域,也会对测序结果中可信度高的内含子、基因间区、3’UTR和5’UTR区域进行信息分析,即分析SNP的区域包括目标区域以及每个区间的上下游200bp。