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Q1：原核生物可以做RNA-Seq Quantification分析吗？

A1：可以。真核生物、原核生物均可以。 

Q2：没有参考基因组序列的物种可以做RNA-Seq Quantification分析吗？ 

A2：可以，但要求有该物种的其他参考序列，如unigene序列、mRNA序列、CDS序列等。 

Q3：RNA-Seq Quantification推荐测序数据量与基因组大小有关吗？ 

A3：RNA-Seq Quantification推荐测序数据量主要与物种的基因数量有关，不同物种基因组大小相差较大，但是编码基因的数量相差并不大，一般物种在3万个左右。对于一般物种RNA-Seq Quantification推荐10M clean reads数据量。 

Q4：判断基因表达差异显著的P值和FDR值的阈值是什么？ 

A4：威九国际以FDR≤0.001且存在2倍以上表达差异作为判断基因表达差异显著的阈值，也可以选取更小的FDR阈值和更大的倍数差异。FDR值越小、倍数差异越大，则越有把握说明该基因在两个样本中的表达存在差异。 

Q5：如何对差异表达基因进行功能分析？ 

A5：差异表达基因可以进行以下4种功能分析： 

1）表达模式聚类分析，即将具有相似表达模式的差异基因聚到一起，从而筛选出感兴趣的基因； 

2）GO分析，该分析能确定差异基因行使的主要生物学功能分类，发掘与基因差异表达现象关联的多个特征功能类； 

3）Pathway分析，确定差异表达基因参与的最主要的生化代谢途径和信号转导途径； 

4）蛋白－蛋白相互作用网络分析，即找出跟差异表达基因编码蛋白发生直接相互作用的蛋白。