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发布于2017.3.13。

近日，Nature Methods发表了一种让基因表达定量更准确的算法，来自卡耐基梅隆大学和哈佛大学医学院附属丹娜法伯癌症研究院等的研究人员将他们开发的该算法称为Salmon（鲑鱼），因为该算法可以非常快速地分析处理数据偏向性对表达量计算的影响，如同鲑鱼一般敏捷迅速。

图1  Salmon分析流程

样品制备和测序等操作往往会放大每个样品之间真实的基因表达差异，测序本身也存在偏向性，使得每个样品的测序数据会存在不可控的差异和偏向。Salmon以解决测序产生的偏向性、尤其是GC含量偏向为特点，并且具有分析耗时短的巨大优势。在所发表的文章中，研究人员将Salmon（分为输入raw reads和aligned reads两类）的表现与kallisto、eXpress进行了详尽比较。

图2  Salmon、kallisto、eXpress灵敏度比较

Salmon算法在疾病及其亚种鉴定、肿瘤发展过程、治疗效果及预后监测等方面得到了普遍认可，目前Salmon 的源代码可从网上免费下载，已有上千位研究者下载使用。

参考文献

Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression. Nature Methods.2017. doi:10.1038 /nmeth.4197