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宏基因组测序常见问题

Q1:土壤样品制备有哪些注意事项?

A1:采样时,去除表面浮土,使用乙醇火烧的铲子挖取地下5至20厘米的土层,去

除可见根后,土壤过2毫米筛网,每个样品从3个采样点采集并混合而成,其中样品量为50g,将采集的土壤样品保存于无菌离心管中,置于0℃以下,待样品采集完毕后,运回实验室,用于抽提DNA,如不能马上实验,请将土壤样品迅速冻存于-20℃冰箱。


Q2:粪便样品制备有哪些注意事项?

A2:粪便的保存,可放在-80℃,根据经验,取内部粪便提取基因组最好,但是不易操作。由于粪便自身的特殊性,建议随时收集随时保存,以便达到最优的DNA提取效果。


Q3:对于宏基因组项目,怎么排除宿主污染?

A3:1. 取样时,尽量不要取靠近组织的部位;

2. 提取的时候采用相应的试剂盒;

3. 若有参考基因组,可通过比对分析去除宿主基因组污染。


Q4:宏基因组组装指标?

A4:宏基因组没有组装指标,因为宏基因组的组装结果与样品情况有关,目前威九国际肠道样品宏基因组组装N50可以达到1K以上。



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