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       发布于2017.3.3。

       基因间长链非编码RNA (lincRNAs)广泛存在于真核转录组中，并具有参与转录调控、表观遗传调控等重要的生物功能。目前除了哺乳动物，其他物种的lincRNA研究较少，这类ncRNA的功能及作用机制一直吸引着很多科研人员 。

       亚利桑那大学的研究人员建立了用于鉴定和研究lincRNA进化关系的分析流程Evolinc，该流程分为两个模块。其中一个模块Evolinc-I，可以鉴定lincRNA及进行差异表达分析，并能够将lincRNA在的基因组上的定位可视化。另一模块是Evolinc-II，该模块根据基因组和转录组的比较分析可对lincRNA的进化关系进行分析。Evolinc-II通过同源lincRNA位置信息比对、序列比对、构建进化树分析得到lincRNA序列插入、缺失、重复等进化信息。

图1 Evolinc-I分析流程及结果（使用已知lincRNA数据进行分析）

       为了验证该流程，研究人员对收集得到的大量已知lincRNA进行分析，用Evolinc-I可以快速鉴定已注释的拟南芥和人类lincRNA，Evolinc-II则利用lincRNA序列保守性从数据库中过滤得到少数的候选lincRNA，进行功能分析。研究人员还用Evolinc-II完善了人端粒酶lincRNA（TERC）的进化信息，并发现小鼠和大鼠的lincRNA之间存在非预期的重复、缺失和外源插入事件。

图2 Evolinc-II分析流程及结果（使用已知lincRNA数据进行分析）

        Evolinc分析流程目前已整合到CyVerse′s Discovery Environment，研究者可免费使用。