Q1:PacBio平台的测序原理?
A1:PacBio是基于单分子实时测序Single-Molecule,Real-Time(SMRT)技术:建好的文库 放在SMRTCell上进行测序,SMRTcell中有15万个Zero-ModeWaveguides(ZMWs)孔,每个孔下面固定DNA合成酶,当待测DNA分子下降到孔中时会与DNA合成酶结合,同时在该酶的催化下,进行了DNA链的合成。由于使用了带有荧光标记的dNTP,在合成时荧光基团会发出亮光,通过检测荧光来读取碱基。
Q2:PacBio全长转录组测序的优势?
A2:相比于Hiseq平台的转录组,PacBio转录组不需要组装就可以得到全长转录本 的信息,可分析得到更多真实存在的转录本,准确性更高。
Q3:PacBio转录组为什么要建3或4个文库?
A3:假如构建1个文库,片段范围是1-10K,得到的测序数据中大部分是小片段序列,大片段序列所占的比例会非常少,数据量也就很少,因为小片段更利于掉入ZMW小孔中。构建多个不同片段范围的文库,可以解决该问题。
Q4:PacBio转录组每个cell能产生多少数据量?
A4:大概1Gb。