Q1:动植物基因组Survey的目的是什么?
A1:动植物基因组Survey分析可以得到基因组大小、杂合度高低、重复序列多少和是否含有污染基本信息,然后依据这些基因组信息来制定相应的测序策略。
Q2:K-mer 分析选择不同长度的原因?
A2:原因是ATCG四种不通过的碱基组成的长度为17的核苷酸占大多数,由于Reads上存在错误碱基,K-mer并非越大越好,若K-mer选择的越大,则包含这个错误位点的K-mer的个数就会越多。K-mer分析选择K长度均为奇数。
Q3:Survey评估和流失细胞仪的区别?
A3:两者都可以对基因组的大小进行评估,而流式则是通过实验的手段,主要通过已知内参物种基因组大小来评估被测物种的基因组大小。Survey评估中的K-mer分析是从数学角度上进行分析的,得到的信息更为全面和准确。