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发布于2017.3.9。

近期，来自上海生物化学与细胞生物学研究所的研究人员作创立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法：Geo-seq。这项最新研究整合了激光显微切割技术和单细胞测序技术，是一种高效、高分辨率的空间转录组分析方案，既可用于转录图谱的三维重建，也可以用于研究具有特殊结构的少量组织或细胞的转录组信息。

Geo-seq workflow

研究人员利用Geo-seq技术绘制了小鼠早期胚胎原肠运动中期精细的三维分子图谱，并揭示小鼠细胞谱系蓝图建立过程中的空间转录组特征、转录因子和信号通路调控网络，使小鼠同一时期两万多个基因的表达能够以电子原位杂交的形式得到完全的呈现。另外，研究人员还成功将该技术应用于小鼠大脑发育、肝脏肿瘤学以及人的精子发育等研究中。

转录组的空间位置对于RNA转录后水平调控具有重要意义，该技术使得研究转录组的空间位置信息变得更加容易。

参考文献

Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq. Nat Protocol. 2017, doi: 10.1038/nprot.2017.003.