威九国际

        发布于2017.5.10。

        台湾大学的李教授团队研究表明，miRNAs可以调节斑马鱼的冷激反应，该成果已发表在BMC杂志上。

   在植物和动物的应激过程中，miRNAs均是很敏锐的调控因子。通过调节基因表达，miRNAs恢复或者重建一个新的表达模式以增强细胞的耐压力。冷激是其中的一种压力----可以引起一种强烈的生理反应和水生生物的转录组变化。已有的基因组研究表明，在鱼的幼体和成熟个体中，有很多受冷激影响的基因。然而，miRNAs在冷激反应中的角色仍然是一个未解之谜。为了阐明miRNAs在冷激反应中的调节作用，作者结合small RNA-seq 和RNA-seq，发现了冷激反应中潜在的miRNAs和相关基因，并进一步揭示了它们在冷激处理中的相互作用和关系。

     在18摄氏度4小时的冷激反应中，Small RNA-seq鉴定了29个上调的miRNAs，26个下调的miRNAs；RNA-seq 则鉴定了908个上调基因，468个下调基因。miRNA 和转录组分析表明，这些表达量变化的miRNAs和mRNAs涉及到相同的生物进程和通路。GO富集分析表明低温诱导的基因富集在melanogenesis, GnRH pathway, circadian rhythm等通路中。

     作者还对影响日常生理代谢的生物钟基因表现出浓厚的兴趣。前人的研究发现了鱼在低温驯化的过程中生物钟基因的富集，但并没有具体化。为了研究生物钟基因的在冷激中的功能特性，作者分别在斑马鱼的幼体中过量表达挑选出的生物钟基因，发现 per2 基因可以在冷激中更好的恢复。而且，作者验证了 per2 基因和 dre-mir-29b的相互作用，表明在冷激中per2 的转录本受miRNA 调节。

       转录组de novo和miRNA联合分析，再通过基因过表达验证是一种很经典的分析方法，可以挖掘发育调控和应激反应的分子机制。本文正是运用这种方法揭示了斑马鱼冷激反应中的关键基因。