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      发布于2017.7.14。高通量单细胞转录组（scRNA-seq) 受限于独特分子标志物（UMI），其在降低序列数和检测有限的基因数中代表了基因表达水平。为解决这一问题，研究人员开发了一种单细胞RNA-seq方法--Quartz-Seq2。

      他们在Quartz-Seq2中几个反应步骤的改进使得研究人员能有效地将初始reads转换为UMI计数（以30％-50％的速度）。研究者们对来自体外胚胎干细胞群体和体内血管基质片段的有限的转录组数据进行了分析，以验证Quartz-Seq2的效果。

Quartz-Seq2实验流程图

      Quartz-Seq2由五个步骤组成:

    （1）使用流式细胞仪分析数据，将每个液滴中的每个单细胞分选到384孔PCR平板的含裂解缓冲液孔中。

    （2）每个孔中的聚腺苷酸RNA用逆转录引物逆转录合成具有独特细胞条形码（barcode）的第一链cDNA。基于序列编辑距离（SeqLv），研究者们准备了384或1,536种具有唯一序列的barcode。

    （3）收集的第一链cDNA被纯化并浓缩，用于随后的全转录本扩增。

    （4）在poly-A尾步骤中，纯化的cDNA用末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）的延长poly-A尾。

    （5）为了从扩增的cDNA到序列文库DNA的转化，研究者们使用超声波打断扩增的cDNA。打断的cDNA和1个缩短了的Y型序列接头连接，而这个接头带有Illumina流通池结合序列（P7）和混池条形码序列（pool barcode sequence，PB）。

      参考文献：Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads. bioRXiv [Epub ahead of print]. 2017.