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Q1：Bisulfite-Seq 在项目开始之前需要考虑哪些因素？

A1：是否为低甲基化率的物种；该物种的基因组完成情况如何（影响BS-SEQ的比对）；

基因组是否存在复杂因素，如GC含量偏高、杂合度偏高、转座子、重复区域等。

Q2：Bisulfite-Seq 有什么特殊接头？

A2：Bisulfite 的甲基化接头中的所有C都是甲基化的，避免在后续的处理中被改变。

Q3：Bisulfite-Seq 中如何定义支持甲基化的reads？

A3：Reads是否支持甲基化是针对某一个位点而言的，在这个位点上，若read1（正链），C与C比对上（即：甲基化的C，没有发生转化），若read2（负链），G与G比对上，那么这个read在这个位点上就是支持甲基化的read，反之就是支持非甲基化的read。

Q4：Bisulfite-Seq 是否可以统计甲基化频率？

A4：可以，但是并不包含在标准信息分析流程中。甲基化频率，就是指相隔多少个碱基（ATCG），会出现一个甲基化的C，模式生物拟蓝芥和人中都做过相关统计（Nature）。