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发布于2017.4.12。

自2010年研究者从RNA-Seq数据中鉴定到circRNA以来，circRNA的准确鉴定和定量成为了人们格外关注的问题。研究表明，在人体细胞中circRNA种类有时超过它们线性异构体的10倍之多，目前发现部分circRNA分子含miRNA靶向序列，可充当竞争性内源RNA (ceRNA)与miRNA结合，解除miRNA对其靶基因的抑制作用调控基因表达。         

许多可用于线性RNA定量的方法并不适用于circRNA。来自我国东南大学和美国内华达大学的研究人员为此建立了一种新的circRNA定量方法，即Sailfish-cir，主要基于Sailfish模型。该方法在circRNA定量分析时首先将circRNA转化为伪线性RNA，与真实的线性RNA合并得到新的转录本参考序列集，然后建立参考序列集的索引，最终比对以及使用VBEM算法进行计算，可同时得到circRNA以及线性转录本的表达量。

众所周知，转录本长度、表达丰度、环状与线性形态的比例等均会影响circRNA的定量。相比基于计数原理的定量方法，该流程能更好的处理上述影响因素，得到更为准确的circRNA定量结果。

该研究成果已于近日发表在《Bioinformatics》杂志上。

参考文献

Quantifying circular RNA expression from RNA-seq data using model-based framework. Bioinformatics. 2017.doi: 10.1093/bioinformatics/btx129