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图1 PacBio全长转录组分析流程

图1  序列长度分布图（构建的是1K-2K，2K-3K文库）

图2  基因功能注释图

经典案例

第三代单分子测序揭示玉米转录组的复杂性 Nature Communication.2016.
Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing. Nature Communication.2016, DOI: 10.1038/ncomms11708 ./span>

本文用三代单分子测序平台对玉米的转录组进行了详尽的分析，样品为B73株系的根、v8时期穗、v7时期穗、花粉、胚芽、胚乳，分析得到111,151条转录本，其中约70%的基因在玉米RefGen_v3参考基因中得到注释，57%的转录本为已知基因的新转录本。同时，作者用二代测序技术对三代分析结果进行验证，90%的可变剪接得到二代数据支持。另外，作者发现了大量的lncRNA，本文最终揭示了玉米转录组的复杂性，并且其基因表达模式较之前威九国际的理解更为复杂。

图1  PacBio结果与已知基因组结果比较

图2  转录本在染色体上的密度分布CIRCOS图

图3  PacBio鉴定得到的lncRNA

图4  PacBio对已知基因模型的修正

推荐文献

[1] A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. Nature Communication.2016, doi: 10.1038/ncomms11706.

[2] Full-length transcriptome sequences and splice variants obtained by a combination of sequencing platforms applied to different root tissues of Salvia miltiorrhiza and tanshinone biosynthesis. The Plant Journal. 2015, doi: 10.1111/tpj.12865.

[3] Single-molecule real-time transcript sequencing facilitates commom wheat genome annotation and grain transcriptome research. BMC Genomics.2015, doi: 10.1186/s12864-015-2257-y.