目标区域甲基化测序是指利用芯片捕获技术获得目标区域序列，结合 Bisulfite 转化测序的方法，对捕获区域内的 C 位点进行甲基化水平检测的一种技术。结合目标区域捕获和 Bisulfite 测序不仅能够在很大程度上降低甲基化研究的成本，还能够提高目标区域的测序深度，从而增加检测准确性，获得检测区域的单碱基分辨率的甲基化信息。
图1 甲基化C的甲基化水平分布
图2 染色体上甲基化C的密度分布
图3 DMRs中的甲基化水平分析
经典案例
ChIP-seq研究增强子图谱助力髓母细胞瘤分型 Nature. 2016.
Clustering of Cancer Cell Lines Using A Promoter- Targeted Liquid Hybridization Capture-Based Bisulfite Sequencing Approach. Technol Cancer Res Treat. 2015, doi: 10.1177/1533034614500416.
本文对 8 对肝细胞癌及其癌旁组织进行了Promotor区域捕获甲基化水平的分析，设计方法为TSS位点上游2200 bp到下游500 bp的区域，每个样品分析的C位点为1.86M个。结果共发现12个差异甲基化相关的基因为差异表达基因，通过BSP技术验证了7个基因，其中5个基因在肝细胞癌中表现为高甲基化， 2个表现为低甲基化。
12个差异甲基化基因
推荐文献
[1] Global analysis of DNA methylation in hepatocellular carcinoma by a liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing approach. Clin Epigenetics. 2015, doi: 10.1186/s13148-015-0121-1.
[2] High resolution profiling of human exon methylation by liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing. BMC Genomics. 2011, doi:10.1186/1471-2164-12-597.
测序策略
产品类型 | 建库类型 | 测序策略 | 建议数据量（Clean data） | 周期 |
目标区域甲基化测序（TBS） | 甲基化文库 | Illumina HiSeq，SE50或PE100或PE150 | 50×以上 | 35工作日
（不含捕获Kit采购周期） |
送样建议
样品类型 | 总量 | 浓度 | 其他要求 |
基因组DNA | 3μg | 50ng/μL | OD260/280 = 1.8~2.0， A260/A230≥1.6；没有蛋白、多糖和 RNA 污染；
DNA 无明显降解。 |
新鲜动植物组织干重 | 2g | / | / |
全血 | 2mL | / | 加入抗凝剂（非肝素），无血凝块 |
FAQ
目标区域甲基化测序常见问题
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