RAD（Restriction-siteAssociatedDNA,限制性内切位点相关DNA）是与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA。RAD-seq通过对酶切获得的RADtag进行高通量测序，能够降低基因组的复杂度，操作简便，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNPs，用于遗传图谱构建、QTL定位，辅助scaffold组装到染色体等。
目前应用新一代测序平台对不同物种作图群体进行重测序，可以快速高效的得到作图群体的基因组信息，用于图谱构建。但是对于大量没有参考基因组的物种，在基因组水平上进行连锁分析局限性非常大。而RAD技术的应用能够解决这些难题。同时众多已有研究表明，RAD-Seq（对RAD进行测序）将成为图谱构建，QTL定位的一个强有力工具。
多态性位点遗传图谱
经典案例
用RAD（DNA限制性酶切位点）标记物快速定位黑草麦茎锈病抗性的连锁图谱 Theor Appl Genet. 2011.
Mapping with RAD (restriction-site associated DNA) markers to rapidly identify QTLfor stem rust resistance in Lolium perenne.
本文利用酶切的简化基因组技术对黑麦草193个F1群体进行RAD-seq，并结合SSR和STS分子标记，利用双假测交原理进行连锁分析，检测黑麦草抗秆锈病QTL，为分子标记育种提供依据。
推荐文献
[1] Linkage mapping and comparative genomics using next-generationRAD sequencing of a non-model organism. PLoS One. 2011, 6: e19315.
[2] Mapping with RAD (restriction-site associated DNA) markers torapidly identify QTL for stem rust resistance in Lolium Perenne. Theoretical and applied genetics.2011, 122: 1467-1480.
测序策略
产品类型 | 建库类型 | 测序策略 | 建议数据量（Clean data） | 周期 |
简化基因组测序 | 常规文库 | Illumina Hiseq ，单酶切推荐PE151 测序， 双酶切 ddRAD 推荐PE101 测序 | 临时性群体（ F1、 F2 等）：每个亲本测序深度为基因组大小 3X， 每个子代平均测序深度为基因组大小 1.2 X；对应的 tag 测序深度（ 6 碱基酶）为： 每个亲本 tag 深度为 20X，每个子代平均 tag 深度为 8X；永久性群体（ RIL、 DH 等）每个亲本测序深度为基因组大小 3X， 每个子代平均测序深度为基因组大小 1 X；对应的 tag 测序深度（ 6 碱基酶）为： 每个亲本 tag 深度为 20X，每个子代平均 tag 深度为 7X | 80工作日 |
送样建议
样品类型 | 总量 | 浓度 | 其他要求 |
基因组DNA | m≥2 μg | c≥20ng/μL | 条带单一/主带明显可辨 |
新鲜动物组织干重 | ≥0.3g | / | / |
新鲜植物组织干重 | ≥0.5g | / | / |
新鲜培养细胞数（个） | ≥5×106 | / | / |
全血（哺乳动物） | ≥1ml | / | / |
全血（非哺乳动物） | ≥0.5ml | / | / |
FAQ
简化基因组测序常见问题
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