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亚硫酸盐能够将DNA中未发生甲基化的C转变为T，由于碱基分子之间的质量差异， MassARRAY系统基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）的原理，能够快速、经济、高重现性地进行CpG位点甲基化的定性定量检测。具有扩增区间长、反应时间短、检测通量高的特点。

使用亚硫酸盐将DNA进行修饰后，使用末端带有T7 RNA聚合酶启动子的引物对目标区间进行PCR扩增。利用T7 RNA聚合酶将扩增产物转录为RNA，利用RNase A特异性切割U 3’端的特性，将转录产生的RNA片段切割成带有CpG位点的小片段。利用CpG和CpA之间的分子量差异，通过Massarray飞行时间质谱对CpG位点的甲基化程度进行定量检测。

MassARRAY分子量阵列基因分析系统EpiTYPER DNA甲基化分析技术是高通量DNA甲基化定量技术。实现多重CpG的甲基化位点的定位定量检测。配套的EpiTYPER软件为用户提供便捷的数据分析和报告工具。