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图1  Wnt signaling Pathway

经典案例

ChIP-seq研究增强子图谱助力髓母细胞瘤分型  Nature. 2016.

Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. Nature. 2016, doi: 10.1038/nature16546.

本文研究了不同亚型髓母细胞瘤相关基因增强子表观调控功能，作者取了四种亚型的髓母细胞瘤样本，提取总DNA，以BRD4、H3K27ac、H3K27me3、LMX1A、HLX、LHX2和H3K4me1等蛋白为靶标进行ChIP富集及测序，并进行增强子图谱、转录组、增强子靶基因预测、靶基因功能等分析。共鉴定到20406 个差异活性增强子，并得到H3K27ac增强子的靶基因，增强子可通过cis作用调控转录因子和染色质形成调控复合物，同时能传递信号给RNA聚合酶，从而调控靶基因的表达。

图1 不同亚型髓母细胞瘤差异活性增强子数目及聚类图

图2 不同亚型髓母细胞瘤H3K27ac增强子在不同染色体位置的信号图

推荐文献

[1] Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq. Cell Res. 2016, doi: 10.1038 /cr.2016.137. 

[2] ChIP-Seq Analysis of the σE Regulon of Salmonella enterica Serovar Typhimurium Reveals New Genes Implicated in Heat Shock and Oxidative Stress Response. PLoS One. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0138466.

[3] Identification of transcription factor binding sites from ChIP-seq data at high resolution. Bioinformatics. 2013, doi: 10.1093/bioinformatics/btt470.