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图1  OTUs统计热图

图2  OUT丰度排秩比较

图3  物种丰度聚类

经典案例

30个月以下有龋齿儿童和没有龋齿儿童的口腔菌群微生物多样性  PLoS ONE, 2014. 

Plaque Bacterial Microbiome Diversity in Children Younger than 30 Months with or without Caries Prior to Eruption of Second Primary Molars.

本文通过16SV1-V3扩增子测序，对10名龋齿儿童和9名非龋齿儿童的口腔菌群进行研究，每个样本测序数量为22000条以上。分析结果显示，龋齿儿童和非龋齿儿童口腔菌群均具有较高的菌种多样性（龋齿儿童口腔菌群分析得到170个OUT;非龋齿儿童得到201个OTU），两组样本间并没有明显的差异。共鉴定得到8门，15纲，21目，30科，41属和99种菌。其中5个门(Firmicute,Fusobacteria,Proteobacteria,BacteroidetesandActinobacteria)和7个属(Leptotrichia,Streptococcus,Actinomyces,Prevotella,Porphyromonas,

Neisseria,andVeillonella)是儿童口腔菌群的主要成分。其中与龋齿相关的菌属包括链球菌属（Streptococcus）和韦尔氏球菌属（Veillonella）；而纤毛菌属（Leptotrichia），月形单胞菌属（Selenomonas）,梭菌属（Fusobacterium）,嗜二氧化碳噬细菌属（Capnocytophaga）和卟啉单胞菌属（Porphyromonas）主要存在于非龋齿样本中；奈瑟氏菌属（Neisseria）和普氏菌属（Prevotella）在两组样本中含量相当。

图1 物种注释结果

图2  OUT丰度比较

图3  PCA分析

推荐文献

[1] Fecal Microbiota Characteristics of Patients with ColorectalAdenoma Detected by Screening: A Population-based Study. EBioMedicine. 2015, 2(6):597-603.