蛋白定量
蛋白质定量是指对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确的定量，该分析可用于筛选样本之间的差异表达蛋白，对某些关键蛋白进行定性、定量分析，进而揭示细胞生理病理功能。基于质谱技术的蛋白质定量分析方法包括标记定量（Labeling quantitation）和非标记定量（Label-free quantitation），体外标记定量主要以iTRAQ定量技术为代表。
iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation，同重同位素标记的相对与绝对定量）技术是由ABI公司2004 年研发的一种体外同位素相对标记与绝对定量技术。该技术采用8种同位素编码的标签，通过特异性标记蛋白质酶解后的多肽氨基基团，随后进行串联质谱分析，可同时比较8种不同样品间蛋白质的相对含量或绝对含量，是近年来定量蛋白质组学常用高通量筛选技术。
非标记定量（Label-free quantitation）主要有两种：峰强度法和谱图计数法。前者根据一级质谱相关的肽段峰强度(Mass spectral peak intensity)、峰面积(Peak area)、液相色谱保留时间(LC retention time)等信息进行定量分析；后者根据二级质谱相关的每个蛋白质鉴定到的肽段总次数(Peptide hits 或 Spectral counts)、所鉴定肽段的离子价位(Ion counts of identified peptides)等信息进行定量分析。
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